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自己注册公司和代办公司存在多方面的区别，主要体现在以下几个方面。
1、程序和流程：自己注册公司需要按照工商部门的流程逐步进行，包括准备相关材料、提交申请等，而代办公司则由代理机构负责全程办理，包括咨询、准备材料、提交申请等，企业主无需亲自参与。
2、时间和精力：自己注册公司需要花费一定的时间和精力去了解注册流程、准备材料以及应对可能出现的问题，而代办公司则由代理机构负责这些事项，企业主可以节省大量的时间和精力。
3、专业性：代办公司通常具备专业的知识和经验，能够更好地处理注册过程中的各种问题，提高注册成功率，而自己注册公司可能在某些环节缺乏专业知识和经验，导致出现不必要的麻烦。
4、费用：自己注册公司通常只需要支付一些基本的费用，如工商部门收费等，而代办公司除了基本的费用外，还需要支付代理机构的代理费用，不过，代办机构可能在后期给企业带来便利和效益，其费用与自行注册的隐性成本相比可能相当或更低。
自己注册公司和代办公司在程序和流程、时间和精力投入、专业性以及费用等方面存在差异，企业主可以根据自身需求和实际情况选择合适的注册方式。